主要登場人物
杉下右京 -
水谷豊警視庁組織犯罪対策部特命係係長・警部補
東京大学法学部を卒業後すぐイギリスに渡る。
帰国後、国家公務員採用I種試験に合格し警察庁に入庁。警視庁刑事部捜査第二課に出向し次々に事件を解決するが、切れ過ぎる頭脳と何を考えているのか判らせない素振りによって周囲からは「変人」扱いされ、それゆえに窓際部署である特命係に追いやられたままである。細かいところまで気になってしまうことが自他ともに認める「悪い癖」であり、去り際に人指し指を立てて「あと、一つだけ…よろしいでしょうか？」と粘ることもしばしば。特命係では備え付けのコーヒーを飲まず、いつも丁寧に入れた紅茶を飲むというかなりの紅茶通（紅茶を夜飲まないと眠れないと言っている。ちなみに水谷は元々コーヒー党であったが、本作がきっかけで紅茶好きになったという）。
元々は喫煙者であったが、回を重ねるうちに吸わなくなった。相手が子供であろうと、凶悪犯であろうと、どんな相手にも慇懃に接する。
三つボタンのシングルスーツ姿が多く、スリーピース・スーツの場合もある。スリーピース・スーツでない場合は、サスペンダーを着用している姿が確認できる。
ベルトは使わない。いでたちは英国紳士さながらである。
アナログ派のように見えるが、携帯のメールを打つのが異常に速い。手先が器用。
梅干と酢豚のパイナップルが嫌い（本人曰く存在理由がわからないらしい）。
落語好きで米沢と気が合う。普段は物静かなタイプだが、怒ると声のトーンが変わる。運動神経も良く、護身術には長けている。稀に走ることがあるが、意外にも速い上、息切れもほとんどない。精神的にも非常に強く、薫に突然手錠を繋がれても、平然と受け答えをしていた。オカルト好きで薫が霊を目撃するたびに「僕も一度はお会いしたいものですね」と羨ましがることも。
車の運転はたいてい薫に任せているが、右京自身も運転免許を持っている（Season3 第9話「潜入捜査」などで車の運転をし、華麗なドライビングテクニックを披露した）。剣道の腕はかなりのもの。
手話を使って、ろう者（聾者）と意思疎通をはかる事もできる（Season5 第11話）。ワインや円周率の暗記を始め、様々な雑学知識にも精通するが、恋愛関係の話や昆虫の事についてはあまり詳しくないようである。法学部出身ということもあり法律にかなり精通しており、大方の法律は暗記している。また、法律を逆手に取って、事件が葬られることを阻止しようとすることがある（Season5 最終話など）。
薫の婚姻届に同意人としてサインしている。ちなみに『名探偵コナン』48巻の「青山剛昌の名探偵図鑑」でも紹介されている。
口癖は「はい？」「○○ですねぇ〜」など。
亀山 薫 -
寺脇康文警視庁組織犯罪対策部特命係・巡査部長
実家は新潟県にある造り酒屋（松山市とのデータもあるが担当係官のミス）。
野球でのスポーツ推薦で大学に進学。妻の美和子（鈴木砂羽）、浅倉禄郎（生瀬勝久）は大学時代の同級生であった。大学を卒業して警視庁に入り刑事部捜査第一課入りを果たすが、指名手配犯を捕まえようとして逆に人質にされるという失態を起こし、特命係に追いやられる。お人好しで、腰が重いわりに口が軽い。
警視庁内で唯一、杉下右京と長時間一緒に居ることが出来る人物。
「特命係の亀山」と呼ばれることを特に嫌っている。愛煙家でコーヒー好き。
場に応じてスーツを着る場合もあるが、普段は主に米軍型のフライトジャケットを着ており、査問委員会にもその格好で現れるほど。毎回違う飛行隊のワッペンがついているため、かなりのフライトジャケットマニアであることがうかがえる。
スポーツ特待生として推薦で大学（法学部）に進学できたほど、運動神経は良い。回を重ねる中で右京の雑学を若干ながら吸収しており、ライバル・伊丹が「汚名返上」と言うべきところを「汚名挽回」と間違えたときには真っ先にそれを指摘した。
味覚がかなり鋭く、事件の凶器発見に貢献したりワイン評論家を驚かせたりした。
幼少期から昆虫に造詣が深く、その知識は虫マニアとも語り合えるほどである。
子供好き。姉・茜（戸田恵子）の計らいにより、Season4 最終話にて美和子と入籍を果たした。何故か幽霊と縁があるらしく、Season3の最終話では『全裸の女性の幽霊』を目撃したのがきっかけで骸骨を発見し、Season5 第2話で美和子との結婚を期に購入した豪邸は近所でも有名な幽霊屋敷だった。
Season5 最終話では一時、懲戒免職寸前に追い込まれるも、地方公務員法を逆手にとった右京の計画により事件が闇に葬られることを防ぎ、免職を逃れた。
Season2 第16話「白い罠」のエンディングで彼が涙ぐむシーンがあるが、これは演技ではないものの、「亀山薫のベストシーン」だと水谷、寺脇両者が認めている。
ちなみに、寺脇いわく「薫は自分にとって理想の男性」とのこと。
亀山（奥寺）美和子 -
鈴木砂羽元帝都新聞社会部記者（警視庁記者クラブ所属）→フリージャーナリスト
薫とは大学時代からの付き合い（同期である浅倉禄郎も同じ）で長い間同棲していたが、Season3開始時点では一旦別れて別居。その間、帝都新聞の先輩である鹿手袋啓介と付き合っていたが、Season4のスタート時点では既に別れていた。
過去に右京が薫をいじめたと勘違いし右京の足を踏んだ（Pre Season 第1話にて）。そして刑事部長の足を踏みつけたこともある（Season1 第5話にて）。
Season4 第12話から帝都新聞のカイロ支局（エジプト）に転勤した。Season4 最終話にて薫と入籍し、その後新聞社を辞めてフリージャーナリストになった。
もともと、伊丹とはそりが合わないが、結婚後は「亀山夫人」と嫌味を言われている（これを逆手に伊丹のことを「いやみ」と濁したことがある）。
宮部たまき -
高樹沙耶小料理屋「花の里」（Pre Seasonでは「新ふくとみ」）女将
右京の元妻。本人曰く「頑固で不器用で天邪鬼な所に惚れ、頑固で不器用で天邪鬼な所が原因で別れた」らしい。しかし、離婚した後も右京のことを何かと気遣ってくれている。
右京とともに薫の婚姻届に同意人としてサインをした。
美和子とは違い基本的に事件には首を突っ込まないが、ふとした時に店で漏らす一言が右京に重要な手がかりを与えることも少なく無い。『変人』右京の最大の理解者であり、右京の考えている事を一発で当てたり（Pre Season 第2話にて）、右京が『自信がない』と言った台詞から彼の着眼点が恋愛関係にある事を見破って右京を仰天させたりしていた（Season5）。
なお、「花の里」の外観および所在地周辺の風景はシーズンごとに若干異なっている。
警視庁組織犯罪対策部（第五課）
角田六郎 -
山西惇警視庁組織犯罪対策五課長
Pre Season 第2話より登場。「よっ、ヒマか？」が口癖。
彼自身が暇なのかは不明だが、ちょくちょく特命係の部屋にやって来てコーヒーを飲みながら雑談している（私的には一定の面倒は見ているが特命係の上司というわけではない。そのため特命係の行動についての引責等もない）。
本人は何をしているのかは不明だが、特命係が薬物関係の事件を解決すると手柄は角田のものになる（刑事部が介入しなければ、薬物関連でなくとも合同捜査と称した彼の手柄となる）。刑事部長との仲はあまり良くないようだ（元来刑事部所属ではないが）。
実兄が京都府警で働いている。東映の裏設定であるが、この「兄」とは同じスタッフによる『オヤジ探偵』に登場する六角一二三（演じるのは同じく山西惇）である。
右京のことを「警部殿」と呼んでいるが、敬語を使っていないことからあだ名として「警部殿」と言っているものと考えられる。このことや、本庁の課長であることから、彼の階級は右京より上の警視、もしくは警視正であると考えられる。自身はもはやこれ以上の出世を諦めている節があるが、実際のところノンキャリアで本部の課長は（課の優劣関係はあるにせよ）出世の頂点といって良い。ちなみにPre Seasonでは眼鏡を掛けていなかった。あまり捜査では登場しない。
大木刑事 -志水正義
警視庁組織犯罪対策5課刑事で、角田の部下。背は低いがなぜか苗字は大木。
いつも特命係の様子を覗き見しているだけしか見受けられなかったが、Season5からは角田・小松と共に特命係と絡むことが多くなり、取調べなど他の現場でも見かけるようになる。
小松刑事 -久保田龍吉
警視庁組織犯罪対策5課刑事で、角田の部下。背は高いがなぜか苗字は小松。
大木とともに特命係の様子を覗き見しているだけしか見受けられなかったが、Season5からは角田・大木と共に特命係と絡むことが多くなり、取調べなど他の現場でも見かけるようになる。
警視庁刑事部
トリオ・ザ・捜一
伊丹憲一 -
川原和久警視庁刑事部捜査第一課・巡査部長
亀山薫の捜一時代からのライバルであり、特命係が動くことを疎ましく思う一人。
"トリオ・ザ・捜一"のリーダー格。
薫と鉢合わせた時に出る「特命係の亀山〜!」や「亀吉〜!」、「かめや〜まぬけ」など（ここ最近はバリエーションが増えつつある。ちなみに携帯電話には「特亀」と登録している）は、本作での定番台詞（反対に、薫から「伊丹」ではなく「畳」と呼ばれたこともある）。
薫との掛け合いはほとんど子供のケンカであり、揃って周囲から度々呆れられている。しかし、事件によっては薫と協力して捜査することもある。
特異体質の持ち主でもあり、誰かに噂されると背中がかゆくなる。美女にめっぽう弱く、彼女はいない。ちなみに剣道の達人であり、Season5では薫と対戦して見事に打ち負かしていた。
「長いものには巻かれるに限る」と発言しており（Season1）、正義感が強い余りに暴走しがちな薫と比べるといささか冷静で、組織人として下手な真似はしない。
しかし、自身の保身の為に事件を捻じ曲げようと強引な捜査命令を下す内村刑事部長に対して「勝手にすりゃいいだろ！」と反抗するなど（Season2）、筋の通らない事には怒りを燃やす正義漢。「何事も自分の目と耳で確かめる」のがモットー。
三浦信輔 -大谷亮介
警視庁刑事部捜査第一課・巡査部長
Pre Season 第2話より登場。"トリオ・ザ・捜一"の一人。岐阜県出身。
特命係が動くことを疎ましく思っているが、伊丹よりは多少右京に対して敬意を払っている。さらに、密かに特命係に仕事を依頼していることから、影では特命係の実力を認めているようだ。"トリオ・ザ・捜一"の中で唯一の妻帯者。最近老眼を患い、眼鏡をかけるシーンも多々見られている。
なお、大谷は、Pre Season 第1話では特殊犯捜査一係の室谷警部補として出演していた。
芹沢慶二 -山中崇史（Season4までは山中たかシ名義）
警視庁刑事部捜査第一課・巡査
Season2から登場。薫や伊丹、三浦の後輩で"トリオ・ザ・捜一"の一人。
島根県出身。伊丹、三浦に何かと指示されているが、薫が先輩という事もあって二人に比べると特命係に敵意は無い。そのため、薫に捕まえられて渋々特命係に重要な情報を渡す場面も多い。若いからか、たまに刑事とは思えないような言動もしていて口が軽い。
彼女がいるようである。興奮すると地元の方言が出る。
なお、山中は、Season1 第1話で薫を人質に警視総監室に立てこもった犯人・田端甲子男（泉谷しげる）を狙撃しようとするスナイパー役で出演していた。
その他
米沢 守 -
六角精児警視庁刑事部鑑識課
Pre Season 第2話より登場。特命係に対して協力的である。
"トリオ・ザ・捜一"とは仲が良くないらしい（特に伊丹に対しては「あの人嫌いですから」と言っている。なお、Season5 第13話では麻雀に付き合っていた）。
趣味は落語と、右京と共通する点があり、何かとウマが合う。高所恐怖症でもある。
また、自称アナウンサーオタク。離婚経験有り（離婚原因は自身の酒癖の悪さと語っており、それ以来酒を断っているという。Season5 第3話では別れた妻の行方を捜してかれこれ3年と話している）。「落語のチケット」や「人気（大御所）作家のサイン本」などと交換に、「捜査一課がつかんだ情報」を右京に提供したり（交換条件なしで特命係に協力することも多いが）、特命係に事件について語る時、ドラマの影響を受けているような願望込みの想像を解説に交えたりする、かなりミーハーな性格。
2006年12月27日放送の『警視庁捜査一課9係』特別編にも登場しており、米沢は「相棒」と「警視庁捜査一課9係」を結ぶ役割を果たす人物だと思われる。
なお、六角は、Pre Season 第1話では、監察医として出演していた。
内村完爾 -片桐竜次
警視庁刑事部刑事部長・警視長
亀山薫を特命係へ追いやった張本人。出世のためか保身のためか、特命係の動きを最も疎ましがり、刑事部の事件に首を突っ込む右京と薫を呼び出しては毎回のように厳しく抗議している。「バカモン!!」が口癖でしょっちゅう"トリオ・ザ・捜一"の失態に対し捜査一課長、管理官、係長といった彼らの上司を無視して直接呼びつけては怒鳴りつけている（大声で怒鳴るためスプレーまで使用しているほど）。
剣道好き。大晦日には家族で餅つきをするのを楽しみにしているらしい。Season5 第11話で大晦日にもかかわらす警視庁に赴いたときは「（自分が出張らなくても問題なさそうなのに）どうしてワシを呼んだんだ。まさにこれから餅をつくところだったのに」と中園に八つ当たりしている。
下の名前はSeason5で明らかになったが、実際にはSeason2 第16話で一瞬だけ出ている。
中園照生 -小野了
警視庁刑事部参事官・警視正
内村と行動を共にすることが多い。内村と同様、特命係の動きを疎ましがっている。
内村の腰巾着的な存在。ただし、必ずしも内村と同感というわけではなく、話についていけなくなることもある（Season5 第19話など）。しかしSeason5 第11話ではやるべき仕事はしっかりやっている描写がある（ただし、念を込めて連絡した内村からは怒声を浴びた）。
田嶋栄一郎 -坂田雅彦
警視庁刑事部捜査一課特殊班捜査(1-3)係(SIT)係長。いわゆる同時多発誘拐事件（season2 第17話）やキングチャイルド事件（season3 第12話）で陣頭指揮を執った。
その他警察関係者
大河内春樹 -
神保悟志警視庁警務部人事第一課主任監察官
Season2から登場。かなり几帳面な男で、常に錠剤を口にし噛み砕いている。
これを理由に周辺からは「ピルイーター」と呼ばれているが、錠剤の正体は子供の頃からの大好物であるラムネ菓子。以前から職務を離れた私見としては特命係の活躍を評価してはおり、さらに秘匿で事件の捜査を依頼した際に自身が同性愛者であることを知られてしまったためか、警視庁内では珍しく特命係を助けることがある。
Season5 第11話で臨時に管理官へ任用されるが、審議官より「失格」の烙印を押されてしまった。階級はオフィシャルガイドブックでも明らかになっていないが、管理官任用から警視または警視正と考えられる。
小野田公顕 -岸部一徳
警察庁長官官房室長・警視監
Season1から登場。東京大学卒業。警察庁から警視庁に出向していた幹部の一人。
警視庁時代に、某人質事件に対応すべくプロジェクトチーム「緊急対策特命係」を作り、その参謀が杉下右京だった。この時判断ミスでメンバーに殉職者が出てしまうが、この責任は窓際部署「特命係」への封じ込めと言う形で右京一人に押し付けられた。
つまり特命係誕生、そして現状に至る原因を作った人物でもある。
その後も何度か廃止された特命係の復活に関与し、特命係を自分の手足、はたまた趣味に使うことがある。通常は右京たちの味方だが、たまに味方なのか敵なのか分からない行動をとることもある喰えない男。
普段は飄々としているが、犯罪を憎む気持ちは人一倍強く持っている様で、権威を利用して犯罪を隠ぺいしようとした外務省の大物幹部達（Season1 最終話）や警察庁長官（Season5 最終話）に対して制裁を加えたことがある。
右京と二人で食事をすることが頻繁にあり、回転寿司店で食べ終わった皿をレーンに戻して右京にたしなめられたことがある（Season1 第4話など）。
五目並べが得意なようで、右京らが留守のときに特命係を訪れて偶然会った角田と勝負したこともある。そのときには完全に角田を打ち負かしていた。
角田が「官房長、お強いぞ〜」と右京らに言ったときには、「あなたが弱すぎるんですよ」と言って角田を皮肉っていた。
プライベートでは、孫を車で小学校に送る程の孫煩悩。「じいじい」と呼ばれ、孫に対しても敬語を使っている。
その他の登場人物
杉下 花 -原沙知絵
右京の姪（正確には遠縁）で、ニューヨーク在住のフォトグラファー。
ハーバード大学卒であり、理屈を並べたがる点やしゃべりだすと止まらない点などにおいては右京と似ている。後先考えずに行動することがあり、それが原因で警察に連行されたこともある。その時に花を取り調べた芹沢が「まるで杉下警部と話しているみたいでした」と言うと、三浦には「いやなDNAだなぁ〜」と言われていた。
たまきの営む小料理屋「花の里」の名前は彼女の名前に由来している。たまき曰く右京と再会すると必ず右京との家系関係の話でもめるらしい。
磯村 茜 -戸田恵子
新潟県在住の薫の実姉。パワフルな性格で声が大きい上に世話好き。新潟から出てきた際、美和子の落とした婚姻届を拾って役所に提出した。薫と話すとたまに方言が出る。
その他の重要登場人物
浅倉禄郎 -
生瀬勝久亀山薫の無二の親友だった男。東京地検でも優秀な検事であったが、「平成の切り裂きジャック」という異名をとられるほどの連続殺人犯であることが発覚、特命係に逮捕される（Pre Season 第2話にて）。死刑判決を受け拘置中（Season1 第5話にも登場）だったがSeason2 第2話で脱走し記憶喪失状態で発見され再拘置されたものの、同Season 最終話にて拘置所内で殺されてしまった。
自分が『不義の子』である事がトラウマとなっており、母と同じ売春婦だった女性を次々と殺害。現場に一切証拠を残しておらず、完全犯罪かと思われたが恋人だった市村麻衣子（渡辺典子）の捨て身の告発により逮捕された。
北条晴臣 -長門裕之
大使（特命全権大使）にまで上り詰めた生粋の外交官。
非常に傲慢な性格で、"閣下"と呼ばなければ振り向かない。Season1 最終話にて右京らに殺人罪で起訴されるも、その後通常ではありえない司法取引で保釈された。
保釈中は奥多摩にある彼の別荘・アイアンハート城で暮らしていたが、同居していた執事を殺害し、逮捕された（Season4 第1話にて）。
瀬戸内米蔵 -津川雅彦
衆議院議員で元法務大臣。実家は寺であり、幼少のころに得度を受け、以後僧侶として生活していたが、選挙に出馬するにあたり還俗した。その為正義感も人一倍強く、また法務大臣任期中には死刑執行書には署名をしなかった。
その一方で北条が犯した事件に関して、小野田から北条の保釈を依頼され、苦渋の決断を下した、ということもあった。Season2 最終話で初登場。
以後は主にスペシャル版で登場することが多い。
海音寺菊生 -竹中直人
Season3にて薫が異動となった麹町東署の刑事課長（階級は警部）であり、薫の直属上司となった男。非常に変わった性格の持ち主であったが、本当は薫のことを理解している人物。
陣川公平 -原田龍二
Season3にて一時、特命係に異動となった人物（階級は警部補）。
元々は捜査一課一係の経理担当者だったが、捜査希望で警視庁に入ったことから捜査に首を突っ込み、問題を起こしたために特命係に左遷となった。特命係でもあれこれと問題を起こしたが、事件を片付けた直後、再び一係に異動となった。
大久保康雄 -阿南健治
帝都新聞記者で、警視庁記者クラブのキャップを務める。美和子の（元）上司に当たる。権力を恐れてか、公的機関に纏わるスクープなどは全く採用しようとしない、かなり保身的な性格。そのため、美和子としばしば対立している。
鹿手袋啓介 -西村雅彦
院内紙記者。元帝都新聞記者で美和子の先輩。Season3で美和子の浮気相手として登場。Season4では既に美和子と別れている様子。
武藤かおり -松下由樹
法の裁きがすべてであると信じて疑わない弁護士。
Season1 第8話で薫の逮捕した強盗犯を『違法捜査』であるとこき下ろして無罪にし、Season2では独房内にいる浅倉に連絡を取る方法を考案するなどかなり優秀。
阿部貴三郎 -武野功雄
指名手配中、新大橋のめしや堂で薫に発見され逮捕されそうになり、薫を人質にして小料理屋に立てこもった（Pre Season 第1話）。この事件により、薫は特命係に追いやられることとなった。前科3犯で組織犯罪対策部、長谷川巡査長（江藤潤）にも逮捕されている。のちに長谷川巡査長の殺害（実は自殺）現場を目撃するが、容疑者として疑われることとなる（Season3 第13話）。
田端甲子男 -泉谷しげる
Season1第１話にて、ダイナマイトを所持して警視総監室に薫を人質に立てこもった。Season2最終話では拘置所に面会に訪れた右京と薫に浅倉の死亡時に火災報知器が誤作動したことを伝えた。
ヒロコ -深沢敦
薫の知人で、都内で飲食店（ゲイバー）「髭と薔薇」を経営。
佐古秀樹 -山崎一
警視庁滝沢署の刑事（巡査部長）だったが、保護した酔っ払いを放置して死なせてしまったことが発覚して退職（Season1 第4話）。再登場時にはおでん屋台を経営していた。
若杉栄一 -マギー
薫の知人。かつて都内で借金取りをしていたが、現在は北海道内でタクシー運転手を務める。商工会議所の仕事で上京した際、強盗のスケープ・ゴートにされ危うく爆死しかけた（Season3 第16話）。
内田美咲 -
奥貫薫精神科医。Season4より登場。二度も事件に巻き込まれ退職を考えたが、右京らに説得され再び精神科医として働くことになる。高所恐怖症。
